Деятельность гениального убийцы Кристофера Пелланта создает множество трудностей в отношениях Бреннан и Бута. Для Бреннан стоит вопрос: окончательно расторгнуть отношения или довериться Сили. Кэм по ошибке арестовывают, когда Бреннан и Бут работают по поддельным именам, чтобы найти убийцу консультанта по вопросам управления.
Бут замечает, что в поведении Бреннан что-то меняется, когда она сочувствует отцу жертве, останки которой были разбросаны по территории парка.

Бреннан остается обвиненной в убийствах, совершенных гениальным преступником Кристофером Пеллантом. Отец Бреннан, благодаря своим старым криминальным связям, помогает Темперанс скрываться от ФБР. В это время, анонимное послание приводит их к новой жертве Пелланта и Бреннан надеется найти новые улики, чтобы доказать виновность настоящего убийцы. Из-за того, что Бреннан укрывается, она вынуждена не видеться с Бутом, это приводит к многочисленным сложностям в их отношениях. Но правда восторжествовала, и Бреннан становится свободной. Сможет ли она восстановить то, что было разрушено за долгих три месяца? Пока Бут ищет новую квартиру, Энджела и Ходжинс узнают о тайном любовнике Кэм, которым становится интерн доктора Бреннан.

3 сентября 2008 года выпустили четвертый сезон проекта «Кости», в котором Бреннан и Бут отправляются в путешествие в Британию расследовать убийство богатой американки, находящейся в отношениях с сыном герцога. Но на этом криминальные увлечения в Британии не заканчиваются, им предстоит найти убийцу известного антрополога. После приезда Бут гуляет со своим сыном в парке, и они находят человеческий палец в птичьем гнезде. Команда Бреннан обнаруживает, что палец принадлежал ветеринару, которого загрызла собака. Тем временем Энджела Монтенегро встречает свою давнюю подругу, а Бут и Бреннан снова улетают. На этот раз в один из крупнейших городов Китая — Шанхай. Но уже в самолете их ожидает новое дело, ведь в микроволновке на кухне самолета было найдено человеческое тело. Возвращение Бута и Бреннан сопровождается и возобновлением деятельности Могильщика, который похищает Бута.

30 августа 2006 вышел второй сезон сериала, которые состоялся из 21 эпизода. Все начинается с того, что ФБР находит тело жертвы, убитой 10 лет назад Говардом Эпсом. Что это значит: старые счеты или его возвращение? Тем временем одна за одной появляются жертвы, убитые так, как описано в книге Бреннан. К счастью, они находят убийцу и Бреннан не чувствует свою вину так сильно, как изначально.
Сили Буту предстоит в прямом смысле сразиться на ринге, а Бреннан играть его влюбленную подружку, чтобы раскрыть убийство девушки, тело которой нашли в 15 милях от Вегаса. А к команде Темперанс прибавляется новое лицо — Кэмилл Сароян. У Кэм раньше были любовные интрижки с Бутом, сейчас же у них просто дружеские отношения… или нет?

13 сентября 2005 года на экраны вышел новый детективный сериал о судебных антропологах и ФБР под названием «Кости». Очень скоро он стал невероятно популярным, так как сочетал в себе интересный сюжет, качественную игру актеров и безумные старания создателей проекта.
Невероятный антрополог Темперанс Бреннан возвращается из путешествия. Ей предстоит набрать команду научных сотрудников, чтобы помочь ФБР расследовать запутанные преступления. С доктором Бреннан теперь работает Энджела Монтенегро, Джек Ходжинс и Закк Эдди. Закк — аспирант, Энджела — художница, которая восстанавливает портрет жертвы по костям, а Ходжинс — специалист по бактериям и минералам.